L’alineació va ser una vegada un nucli Calabossos i dracs mecànic, però ara està reservat al text de sabor i als memes d’Internet. Una de les parts més reconegudes de Calabossos i dracs és el sistema d'alineació del joc, que serveix per classificar ràpidament les creences morals d'un personatge. Tot i que el sistema d'alineació de D&D ha canviat al llarg dels anys, la seva forma més popular és un gràfic 3x3 que defineix personatges i monstres com a pertanyents a una de les nou categories. Un jugador pot tenir una moral bona, neutral o malvada, i pot tenir creences ètiques lícites, neutrals o caòtiques. Quan crea un personatge o un joc de rol com a PNJ, un jugador tria un sistema de moralitat i una creença ètica (com ara el caòtic neutral o bé legal) per proporcionar una base per a com aquest personatge veu el món i pren les seves decisions. El sistema era una part fonamental de les primeres versions del joc, proporcionant alhora una base per al joc de rol com a personatge i donant als jugadors certs efectes mecànics. No obstant això, a mesura que les opinions del joc sobre moral i ètica van canviar i Calabossos i dracs allunyat de posar restriccions als jugadors en funció de la moral del seu personatge, el sistema d'alineació s'ha convertit principalment en un vestigi del passat.
Versions anteriors de Calabossos i dracs va utilitzar el sistema d'alineació com a mecànic per ajudar els DM a mantenir el seu món i evitar que els jugadors actuessin 'fora de caràcter'. Un DM no només podia penalitzar un jugador per haver comès un acte que considerava que estava fora de la seva alineació, també hi havia encanteris que afectaven els personatges de certes alineacions de manera diferent. Per exemple, Protecció contra el mal en edicions anteriors, es protegien específicament els seus llançadors de criatures malignes, mentre que els jugadors només podien ser monjos si tenien un alineament legal. Si un jugador cometés una acció fora de la seva alineació, podrien ser castigats perdent un nivell o havent de guanyar el doble d’XP per pujar de nivell.
Tot i que hi havia avantatges mecànics en el sistema d'alineació, també obligava els jugadors a adaptar-se a determinats comportaments, especialment segons el seu DM. Per exemple, un paladí només podia ser un bé lícit, cosa que significava que els jugadors no podien ser un paladí per a una deïtat malvada. Tot i que el sistema d'alineació no pretenia forçar els jugadors a certs carrils, va acabar promovent un tipus de món fantàstic molt específic, on hi havia poc espai per a personatges matisats o debat moral. S'esperava que els jugadors actuessin d'una certa manera a causa de la seva alineació, i la visió del món d'un personatge no podia créixer ni canviar mentre jugaven durant una campanya. L'alineació va tenir un paper important en la idea que certes races havien d'actuar d'una manera determinada, cosa que va impulsar el concepte problemàtic de les cultures monolítiques.
Calabossos i dracs va subratllar la importància de l'alineació a la quarta edició, i ara ja ha desaparegut a la cinquena edició. Tot i que tots els monstres i blocs d’estats de NPC encara enumeren l’alineació del personatge, ara no hi ha regles que limitin certes classes a caràcters d’un alineament específic, ni encanteris que afectin els personatges de manera diferent segons si són Chaotic Good o Chaotic Evil. El que és més important, l'alineació ja no limita els jugadors a com pot actuar el seu personatge o empeny la idea que totes les criatures de la mateixa raça d'espècies sempre actuen de la mateixa manera. El manual actual del jugador assenyala que 'poques persones són perfectes i constants fidels als preceptes de la seva alineació' i que fins i tot dos jugadors dins de la mateixa alineació poden tenir comportaments totalment diferents. Tot i que hi ha un grapat d’objectes màgics que encara requereixen una certa alineació per utilitzar-los, fins i tot són més excepcions que qualsevol regla real.
Encara que l'alineació ja no té cap funció mecànica a Calabossos i dracs , segueix sent una eina útil per als nous jugadors que sumen els dits dels peus en el rol per primera vegada. El sistema d'alineació ara proporciona una pauta àmplia sobre com alguns personatges veuen el món i actuen com a punt de partida en lloc d'una tanca per limitar determinats comportaments. Ara és una eina en lloc d’un conjunt de regles mecàniques, que permet que apareguin diferents tipus d’històries i una gran varietat de mons a la taula de D&D.
